Les fonctionnaires ont finalement échappé, dans la loi de finances 2026, à 2 jours de carence supplémentaires sur les absences maladie. En revanche, ils en conservent 1, et ce dernier a des effets non négligeables sur les agents de la fonction publique territoriale (selon une étude du Cnam).

Pour freiner la hausse des arrêts maladie dans la fonction publique, le gouvernement a réintroduit en 2018 un jour de carence pour tous les agents.

La mesure consiste à ne plus rémunérer le premier jour d’absence en cas de maladie simple, pour réduire le coût du micro-absentéisme, c’est-à-dire les absences courtes et relativement fréquentes.

Pour mesurer les effets, le Centre d’études de l’emploi et du travail du Cnam a exploité les données des arrêts de travail de 600.000 agents de la Fonction publique territoriale entre 2017 et 2019, donc juste avant et juste après la réintroduction du jour de carence. L’étude a été publiée il y a quelques semaines.

Les résultats montrent que le nombre total de jours d’arrêts maladie recule de 13%. Et comme attendu, l’effet est maximal sur les arrêts courts, de 2 et 3 jours. Ces derniers ont diminué de 15 et 16%. En revanche, les arrêts de plus de 2 semaines ne sont presque pas affectés.

En résumé, le jour de carence agit bien sur le micro-absentéisme mais pas sur les arrêts maladie de longue durée. D’un note de vue strictement budgétaire, la mesure a généré 86 millions d’euros par an, selon le Cnam.

Cette économie ne tient pas compte des effets indirects, c’est-à-dire l’éventuel report sur d’autres types de congés, les impacts futurs sur la santé ou sur la productivité des agents.

Autre enseignement, le jour de carence n’affecte pas tous les agents territoriaux de la même façon. Les effets sont nettement plus marqués chez les jeunes agents, qui appartiennent à la catégorie C, et qui sont faiblement rémunérés. Pour eux, la perte d’une journée de rémunération a un coût proportionnellement plus élevé.

À l’inverse, les agents des catégories B et A, plus qualifiés et mieux payés, sont moins sensibles à cette perte financière. Sur le terrain, les communes et intercommunalités qui emploient une part importante d’agents en catégorie C, enregistrent de fait les plus fortes baisses d’arrêts maladie. C’est moins le cas en revanche dans les conseils régionaux et départementaux, qui ont plus d’agents en catégorie B et A.

La réforme a donc un effet inégalitaire, selon les auteurs. Autre bémol, elle ne cherche pas à comprendre les causes de l’augmentation des arrêts, qui renvoient aussi aux conditions de travail.